COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 8.027585 8.027585 5.855763
2021-07-18 17:00:00 6.979911 6.979911 5.608013
2021-07-17 17:00:00 5.740192 5.740192 5.337160
2021-07-16 17:00:00 6.134372 6.134372 5.067012
2021-07-15 17:00:00 5.517970 5.517970 4.813931
2021-07-14 17:00:00 4.342564 4.342564 4.537797
2021-07-13 17:00:00 3.435226 3.435226 4.248082

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 4.934211 1.205788 2.475713
2021-07-18 17:00:00 3.159174 3.159174 2.450506
2021-07-17 17:00:00 1.696607 1.696607 2.426348
2021-07-16 17:00:00 1.839588 1.839588 2.448829
2021-07-15 17:00:00 4.310345 4.310345 2.536827
2021-07-14 17:00:00 3.296703 3.296703 2.586514
2021-07-13 17:00:00 2.718287 2.718287 2.625368

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 0.000000 0.000000 3.162064
2021-07-18 17:00:00 5.022831 5.022831 3.083523
2021-07-17 17:00:00 4.347826 4.347826 3.090521
2021-07-16 17:00:00 6.097561 6.097561 3.039576
2021-07-15 17:00:00 1.501502 2.252252 3.148686
2021-07-14 17:00:00 4.950495 4.950495 3.236140
2021-07-13 17:00:00 1.282051 1.282051 3.266648

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 6.113990 6.113990 2.863434
2021-07-18 17:00:00 2.719665 2.719665 2.855780
2021-07-17 17:00:00 3.455285 3.455285 2.703087
2021-07-16 17:00:00 4.466357 2.784223 2.635158
2021-07-15 17:00:00 1.882353 1.882353 2.592915
2021-07-14 17:00:00 2.779156 2.779156 2.519967
2021-07-13 17:00:00 2.243270 2.243270 2.419142

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 17.976190 17.976190 9.430252
2021-07-18 17:00:00 9.124907 9.124907 9.279323
2021-07-17 17:00:00 8.016167 8.016167 9.098389
2021-07-16 17:00:00 9.995100 9.995100 9.040384
2021-07-15 17:00:00 11.153480 11.153480 8.915008
2021-07-14 17:00:00 8.389112 8.389112 8.930425
2021-07-13 17:00:00 4.194941 4.194941 8.754237

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 21.791045 21.791045 13.256325
2021-07-18 17:00:00 20.604183 20.604183 12.609184
2021-07-17 17:00:00 11.010638 11.010638 11.957238
2021-07-16 17:00:00 14.556041 14.556041 11.301310
2021-07-15 17:00:00 12.261380 12.261380 10.672326
2021-07-14 17:00:00 6.324324 8.515284 9.939656
2021-07-13 17:00:00 4.782882 4.782882 9.147714

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 1.566580 0.505689 1.603353
2021-07-18 17:00:00 1.760176 1.760176 1.582756
2021-07-17 17:00:00 1.737116 1.737116 1.612885
2021-07-16 17:00:00 2.233677 2.233677 1.637190
2021-07-15 17:00:00 1.704545 1.704545 1.683356
2021-07-14 17:00:00 3.281250 1.484375 1.730492
2021-07-13 17:00:00 1.240695 1.240695 1.753718

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 16.615620 16.615620 10.289607
2021-07-18 17:00:00 13.644264 13.644264 9.840557
2021-07-17 17:00:00 13.638843 13.638843 9.431832
2021-07-16 17:00:00 11.899006 5.586892 8.845376
2021-07-15 17:00:00 9.067557 9.067557 8.363636
2021-07-14 17:00:00 5.990783 5.990783 7.845506
2021-07-13 17:00:00 5.502154 5.502154 7.293676

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 4.628502 2.405825 2.666022
2021-07-18 17:00:00 3.951701 3.951701 2.603500
2021-07-17 17:00:00 2.476362 2.476362 2.479785
2021-07-16 17:00:00 3.018446 3.018446 2.370550
2021-07-15 17:00:00 2.254545 2.254545 2.243171
2021-07-14 17:00:00 2.534854 2.534854 2.132661
2021-07-13 17:00:00 1.581278 1.581278 1.975670

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 6.162963 4.452624 4.120624
2021-07-18 17:00:00 4.117385 4.117385 4.028385
2021-07-17 17:00:00 3.991616 3.991616 3.861908
2021-07-16 17:00:00 4.376920 4.376920 3.667040
2021-07-15 17:00:00 4.817906 4.817906 3.480682
2021-07-14 17:00:00 4.700090 4.700090 3.227867
2021-07-13 17:00:00 3.135571 3.135571 2.980964

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 7.396450 2.012072 3.300693
2021-07-18 17:00:00 4.129387 4.129387 3.284135
2021-07-17 17:00:00 4.048892 4.048892 3.228696
2021-07-16 17:00:00 4.224208 4.224208 3.152112
2021-07-15 17:00:00 3.300330 3.300330 3.162914
2021-07-14 17:00:00 4.109589 4.109589 3.185983
2021-07-13 17:00:00 1.674641 1.674641 3.208804

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 1.834862 1.834862 3.138085
2021-07-18 17:00:00 2.708333 2.708333 3.069429
2021-07-17 17:00:00 2.227723 2.227723 2.883465
2021-07-16 17:00:00 5.778894 5.778894 2.798350
2021-07-15 17:00:00 2.695418 2.695418 2.614079
2021-07-14 17:00:00 2.020202 4.624277 2.462185
2021-07-13 17:00:00 0.000000 0.000000 2.273777

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 2.631579 2.631579 7.468021
2021-07-18 17:00:00 9.933775 9.933775 7.515822
2021-07-17 17:00:00 13.229572 4.863813 7.511181
2021-07-16 17:00:00 7.042254 7.042254 7.619947
2021-07-15 17:00:00 11.224490 11.224490 7.369684
2021-07-14 17:00:00 9.090909 9.090909 7.128525
2021-07-13 17:00:00 8.612440 8.612440 6.922372

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 1.793722 4.108392 3.390278
2021-07-18 17:00:00 3.791469 3.791469 3.230851
2021-07-17 17:00:00 3.316327 3.316327 2.996684
2021-07-16 17:00:00 5.518395 5.518395 2.762592
2021-07-15 17:00:00 3.565891 3.565891 2.532166
2021-07-14 17:00:00 4.395604 1.282051 2.313626
2021-07-13 17:00:00 2.087683 2.087683 2.073486

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 1.535930 1.535930 1.602765
2021-07-18 17:00:00 2.260053 2.260053 1.585713
2021-07-17 17:00:00 1.113586 1.113586 1.506408
2021-07-16 17:00:00 2.680653 1.235431 1.459715
2021-07-15 17:00:00 2.543007 2.543007 1.438958
2021-07-14 17:00:00 1.758058 1.758058 1.396203
2021-07-13 17:00:00 1.360021 1.360021 1.338796

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 3.102310 3.102310 3.227174
2021-07-18 17:00:00 13.157895 4.820937 3.143561
2021-07-17 17:00:00 5.389222 2.994012 3.035650
2021-07-16 17:00:00 3.271693 3.271693 2.937387
2021-07-15 17:00:00 2.815013 2.815013 2.933063
2021-07-14 17:00:00 2.851588 2.851588 2.895916
2021-07-13 17:00:00 6.680441 3.202479 2.915900

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 2.402023 4.275428 5.303471
2021-07-18 17:00:00 10.949248 5.263158 5.203285
2021-07-17 17:00:00 7.229833 7.229833 4.990171
2021-07-16 17:00:00 5.615724 5.615724 4.786974
2021-07-15 17:00:00 4.942630 4.942630 4.553432
2021-07-14 17:00:00 6.198347 6.198347 4.249300
2021-07-13 17:00:00 4.244817 4.244817 3.956451

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 11.534025 7.136910 8.153797
2021-07-18 17:00:00 12.801014 12.801014 7.930588
2021-07-17 17:00:00 9.757754 9.757754 7.611909
2021-07-16 17:00:00 8.371286 8.371286 7.363130
2021-07-15 17:00:00 8.847118 8.847118 7.029163
2021-07-14 17:00:00 5.933251 5.933251 6.636905
2021-07-13 17:00:00 3.841060 3.841060 6.260986

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 9.488326 4.238322 3.644768
2021-07-18 17:00:00 5.746039 5.746039 3.443371
2021-07-17 17:00:00 4.517705 4.517705 3.237095
2021-07-16 17:00:00 3.532609 3.532609 3.052520
2021-07-15 17:00:00 3.402163 3.402163 2.882416
2021-07-14 17:00:00 1.837860 1.837860 2.661283
2021-07-13 17:00:00 1.625000 1.625000 2.472671

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 5.263158 2.089864 3.267770
2021-07-18 17:00:00 12.570356 2.814259 3.155939
2021-07-17 17:00:00 6.423983 6.423983 3.139133
2021-07-16 17:00:00 11.691023 3.131524 3.094614
2021-07-15 17:00:00 4.184100 4.184100 3.033010
2021-07-14 17:00:00 2.459016 2.459016 2.904521
2021-07-13 17:00:00 2.976190 2.976190 2.720174

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 0.000000 0.000000 0.401620
2021-07-18 17:00:00 0.913242 0.913242 0.440194
2021-07-17 17:00:00 0.904977 0.226244 0.405970
2021-07-16 17:00:00 2.358491 0.471698 0.384760
2021-07-15 17:00:00 0.000000 0.000000 0.367543
2021-07-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.372791
2021-07-13 17:00:00 0.632911 0.632911 0.346756

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-19 17:00:00 9.214092 5.303030 6.964008
2021-07-18 17:00:00 6.928702 6.928702 6.858392
2021-07-17 17:00:00 7.911924 7.911924 6.722316
2021-07-16 17:00:00 10.255792 10.255792 6.519340
2021-07-15 17:00:00 6.508391 6.508391 6.193985
2021-07-14 17:00:00 5.437500 5.437500 6.069718
2021-07-13 17:00:00 6.082375 6.082375 5.800891

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.934211 1.205788 2.475713
Basilicata 0.000000 0.000000 3.162064
Calabria 6.113990 6.113990 2.863434
Campania 17.976190 17.976190 9.430252
Emilia-Romagna 21.791045 21.791045 13.256325
Friuli Venezia Giulia 1.566580 0.505689 1.603353
Lazio 16.615620 16.615620 10.289607
Liguria 4.628502 2.405825 2.666022
Lombardia 6.162963 4.452624 4.120624
Marche 7.396450 2.012072 3.300693
Molise 1.834862 1.834862 3.138085
P.A. Bolzano 2.631579 2.631579 7.468021
P.A. Trento 1.793722 4.108392 3.390278
Piemonte 1.535930 1.535930 1.602765
Puglia 3.102310 3.102310 3.227174
Sardegna 2.402023 4.275428 5.303471
Sicilia 11.534025 7.136910 8.153797
Toscana 9.488326 4.238322 3.644768
Umbria 5.263158 2.089864 3.267770
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 0.401620
Veneto 9.214092 5.303030 6.964008

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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